“平潭综合实验区”和“平潭县”的概念有所区别。平潭综合实验区党工委、管委会是中共福建省委、福建省人民政府的派出机构，级别为正厅级，代表省委、省政府管辖平潭综合实验区，而平潭综合实验区与平潭县行政区域重合，因此福建省平潭综合实验区管理委员会是当前平潭县行政区域内的最高行政管理机构。平潭县人民政府为福建省平潭综合实验区的下辖机构。平潭县归平潭综合实验区管辖，不归福州市管辖，平潭综合实验区在福建省实行计划单列。平潭县行政区划仍属于福州市行政区划范围，其诸多统计数据仍然纳入福州市计算。
截至2012年，平潭综合实验区辖平潭县，平潭区辖7镇8乡：潭城镇、苏澳镇、流水镇、澳前镇、北厝镇、平原镇、敖东镇、白青乡、屿头乡、大练乡、芦洋乡、中楼乡、东庠乡、岚城乡、南海乡。居委会、行政村共计200个。区政府驻潭城镇新区。